我现在在杭州但是我之前在南阳工作的三个月工作还没有发完还要扣12天工资

公司没发完工资还扣12天工资，这很可能不合法。您可以先和公司沟通，问清楚扣工资原因，要求补发剩余工资。要是沟通没用，您可以收集工作证据，像劳动合同、考勤记录、工资条等，去申请劳动仲裁，维护自己权益，要回应得工资。
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关于劳动仲裁的申请地点，你可以在劳动合同履行地（南阳）或用人单位所在地申请劳动仲裁。虽然你现在在杭州，但根据规定，你仍需在南阳或用人单位注册地进行申请。具体操作是：准备相关证据材料，如劳动合同、工资条、工作证明等，向南阳或用人单位所在地的劳动仲裁委员会提交仲裁申请。
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从法律角度，用人单位克扣工资的行为可能面临多种法律后果，包括但不限于：被劳动监察部门责令限期支付工资及赔偿金；劳动者申请劳动仲裁后，用人单位需支付被克扣的工资及可能的经济补偿；情节严重的，用人单位还可能被处以罚款，甚至面临刑事责任。因此，建议用人单位遵守相关法律法规，按时足额支付劳动者工资。
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如果用人单位拒绝提供克扣工资的具体明细，根据《劳动法》的相关规定，这违反了工资支付应当提供工资清单给劳动者的义务。你可以首先尝试与用人单位沟通，要求其提供详细的工资扣减说明。若沟通无果，可以向当地劳动监察大队投诉，或者申请劳动仲裁，要求用人单位说明克扣工资的具体原因和明细，并维护自己的合法权益。法律依据为《劳动法》第五十条，用人单位应当以货币形式按月支付劳动者工资，且不得克扣或无故拖欠工资。